New Phytologist | SSR标记在作物扩散研究中的应用

发稿时间：2020-11-16来源：天昊生物

提取DNA后，利用毛细管电泳方法分别对1852个番荔枝的9个SSR、770个玉米的92个SSR和476个菜豆的36个SSR进行基因型分析，检测结果重复2次以上。

样本多样性的地理模式是利用SSR分型数据集，基于空间位置遗传多样性指数(等位基因丰富度(allelic richness, AR)和预期杂合性(expected heterozygosity, HE))结果获得的。利用STRUCTURE软件来分析样本的群体遗传结构。NJ邻接进化树使用ADEGENET R包计算的Nei遗传距离构建的。

图1、本研究中使用的植物材料及取材地理位置。(a) 1852份番荔枝，(b) 770份玉米和(c) 476份菜豆材料。

图2、样本空间位置整合的预期杂合度值。

图3、番荔枝(a)、玉米(b)和菜豆(c)的STRUTURE结果。

图5、中美洲和南美洲各自等位基因的地理丰富性显示了不同作物之间的差异模式。

本研究表明，前哥伦布时代番荔枝通过中美洲和安第斯山脉之间的长距离海上贸易路线扩散。番荔枝的扩散历史与玉米和菜豆的扩散历史形成对比。玉米最有可能通过中美洲地峡、陆地、海岸附近或两者的结合而扩散。安第斯山脉则是菜豆的驯化中心，而厄瓜多尔和哥伦比亚之间的边境地区是安第斯和中美洲基因库之间的杂交区，因为来自该地区的豆类地方品种显示出高水平的遗传多样性，因此此处可能是重要的作物交换区。本研究为三种作物的地方品种进行原地和异地保护提供了可能。

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