【昊文章】天昊WES测序技术助力客户最新急性呼吸窘迫综合症成果见刊《Ann Transl Med》

发稿时间：2021-08-19来源：天昊生物

近日，东南大学附属中大医院重症医学科邱海波主任团队基于WES测序平台数据的全外显子组关联研究成果发现，急性呼吸窘迫综合征临床结局与亚型均与基因组遗传变异相关。该文章近期发表于期刊《Ann Transl Med》上。天昊生物有幸承担了全外显子测序与相关数据分析工作。

英文题目：Nucleotide polymorphism in ARDS outcome: a whole exomesequencing association study

中文题目：核苷酸多态性与ARDS结局的相关性：一项全外显子组测序关联研究

IF: 3.297

发表单位：东南大学附属中大医院重症医学科

●急性呼吸窘迫综合征（ARDS）的特点是肺血管通透性增加，肺组织通气性降低。入院后患者死亡率高达35-46%，目前提高ARDS生存率的治疗策略仍然有限。●单核苷酸多态性和基因组突变情况与中国人ARDS临床结局的关系尚不清楚。

这是一项单中心、前瞻性的观察性试验，招募了105例成年ARDS患者。在采集基线数据后，抽取血液样本进行全外显子组测序，探究单核苷酸多态性（SNP）/插入-删除与ICU结局、临床亚型之间的关系。肺损伤负担（LIB），被定义为每兆字节DNA的非同义SNP数量的比率，被用来评估其在预测ARDS方面的价值。

●人群基本信息：共有105名ARDS患者参加了研究，包括70名存活者和35名非存活者。

●通过全外显子组测序，SNP/InDel的数量为 471,131个。其中，120,830个SNP/InDel在外显子区。非同义SNV的数量为 65,542个。GO分析显示，52个功能与ARDS的发展相关联 (P<0.01)，而KEGG富集分析显示，这些SNP/InDel富集在10条通路中，如cGMP-PKG信号通路、血小板激活通路（P<0.05）。

●不同结局ARDS患者之间的SNP/InDel数据：存活者的LIB明显高于非幸存者 [1,892（1,848-1,942）/MB vs 1,864（1,829-1,910）/MB，P=0.018]。GO分析显示有60个GO功能与ARDS的结局相关，KEGG富集分析显示相关SNP/InDels在13个途径中富集。几个新的SNPs被发现可能与ARDS结局相关（图1）。LIB被用来确定其结局预测能力，其ROC曲线下的面积仅为0.6103，与APACHEII评分结合时增加到0.712。

图1 全基因组关联研究显示，几个SNPs可能与ARDS结局相关。

●不同亚型的ARDS患者之间的SNP/InDel数据：根据肺部损伤的严重程度将患者分为重度ARDS组和非重度组。与非重度组相比，重度ARDS组的LIB较低，ROC曲线分析显示LIB的预测值为0.727（P<0.0001）。GO 分析显示，25项功能与 ARDS严重程度相关（P<0.01），KEGG富集分析显示，这些SNP/InDel富集在4个通路上，如PI3K-Akt信号通路，ECM-受体相互作用通路(P<0.05)。作者进一步按照肺部ARDS和 肺外ARDS组，入院时有败血症和无败血症的ARDS，入院时合并休克的ARDS和没有休克的ARDS进行了亚组关联分析。

遗传变异与ARDS的临床结局和亚型有关；然而，它们的预后价值仍需要更大规模的试验来验证。

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