来自西南大学科研人员与国际多所大学合作，对亚洲和美洲广泛代表性隐尾蠊进行了线粒体基因组随机测序，并得到了核基因（18S，28S）序列信息。在此基础上重建了隐尾蠊的系统发育，并通过化石校准的分歧时间估算了群体的进化历史。在本项研究中，天昊生物有幸承担了基因组的随机测序服务，下面让我们简单看下这篇文章。
英文题目：Vicariance and dispersal events inferred from mitochondrial genomes and nuclear genes (18S, 28S) shaped global Cryptocercus distributions
中文题目：根据线粒体基因组和核基因(18S，28S)推断的地理隔离和扩散事件塑造了全球的隐尾蠊分布
期刊名：Molecular Phylogenetics and Evolution
发表时间：2022年
影响因子：5.019 (JCR: Q1)
野外采集了45个隐尾蠊样品，其种34个标本来自中国长白山、秦大巴山和横断山，其余11个来自美国加利福尼亚州、田纳西州、北卡罗来纳州、弗吉尼亚州和乔治亚州。所有标本均保存在100%乙醇中并在-80ºC下保存。实验样本送上海天昊生物进行随机测序及生信分析。在获得线粒体基因组基础上进一步对tRNA基因、PCG、rRNA基因的同源性进行了比对鉴定。对核18S rRNA(18S)和28S rRNA(28S)进行了分析，还使用最大似然和贝叶斯法进行系统发育分析，以及分歧时间分析和生物地理学分析。
隐尾蠊线粒体基因组情况
本研究对45个隐尾蠊线粒体基因组进行了测序，并将这些基因组与GenBank中另外7个基因组和代表5个物种的基因组相合结。这52线粒体基因组长度从14,945 bp到17,793 bp不等，平均 A + T 含量为74.23%。在秦大巴山的8个样本中发现了6个tRNA（trnA、trnR、trnN、trnS1、trnE和trnF）在ND3和ND5之间的重排（图2-3）。
图3、推断的TDRL事件解释了隐尾蠊中的线粒体基因重排。(GO2-6) ND3和ND5之间的基因；(GO7) 控制区CR和ND2之间以及ND3和ND5之间的基因。较长的非编码序列以黄色突出显示。
系统发育分析系统发育分析图4所示，我们发现了对北美隐尾蠊和亚洲隐尾蠊单一系的有力支持。在北美的进化枝中，来自西海岸的隐尾蠊C. clevelandi作为来自美国东海岸的C. punctulatus姐妹群被发现。而来自长白山的隐尾蠊样本，包括来自俄罗斯东部和韩国的分类群，形成了一个并系群。
图4、从完整的线粒体基因组和核基因（18S、28S）推断出的贝叶斯系统发育树。进化枝I-IV表示长白山、秦大巴山、云南高原和川西高原的隐尾蠊群。
分歧时间估计
基于线粒体基因组和核基因（18S、28S）的隐尾蠊物种多样化的时间尺度，并使用7种cockroach（包括3种termite）化石进行校准，如图5所示。分歧时间分析表明，隐尾蠊在140.5 Ma从termite分出。随后，隐尾蠊在80.5 Ma分化为北美隐尾蠊和亚洲隐尾蠊。隐尾蠊最近的共同祖先来自横断山脉和秦大巴山脉的年代为27.2 Ma。
研究者使用RASP中的统计分散方差分析(S-DIVA)重建了隐尾蠊祖先范围（图6）。据推测，祖先隐尾蠊广泛分布于东亚和北美。推断出隐尾蠊的2个扩散事件和6个地理隔离事件（图6：节点1-8）。
图5、隐尾蠊系统发育和分歧时间图。使用7个化石校准点（指示节点处的数字1-7）。地质时间尺度显示在底部。
图6、在RASP中使用 S-DIVA 重建祖先分布区域。确定了以下6大生物地理区域：(A)横断山脉的川西高原；(B)横断山脉的云南高原；(C)秦大巴山脉；(D)长白山，包括俄罗斯东部和韩国；(E)北美西海岸和 (F)北美东海岸。
1）确定了秦大巴山隐尾蠊中四种类型的tRNA重排；
2）系统发育树强烈支持隐尾蠊六大谱系，显示出明显的地理分布格局；
3）恢复了隐尾蠊的两次扩散事件和六次地理隔离事件；
4）地理隔离和扩散在塑造隐尾蠊的分布和多样性方面发挥了重要作用。
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