【科研小工具】就没见过这么牛气的肿瘤甲基化和表达联合分析查询数据库

发稿时间：2018-01-25来源：天昊生物

如何不做试验探究甲基化是否在肿瘤样本中调控基因的表达水平，我第一个要查的就是这个牛气的数据库：

MethHC

http://methhc.mbc.nctu.edu.tw/php/index.php

有时间的老师请继续往下看，它的功能比我们预想的还要丰富。

数据库特点

• 收录数据： DNA甲基化、基因表达、microRNA甲基化、microRNA表达， TCGA (The Cancer Genome Atlas)数据库的基因表达和甲基化的关系，一共包括超过6000例样本的18个癌种的6,548个 microarray 和12,567个 RNA 测序数据。
• 显著优于其他同类型甲基化数据库，该网站直接给出多数据库对比表格。总结起来，

优势体现在更新及时；数据量大且类型多样；同时包括miRNA表达数据和甲基化数据，能更快速直接的探究miRNA和甲基化是否调节目的基因的表达。

• 数据库整体分析流程：整合分析TCGA数据库的甲基化水平，mRNA表达和microRNA表达数据，其中重点关注了基因mRNA水平和甲基化水平的相关性；miRNA的甲基化信息。

• 甲基化分析更细致：除了传统的基因整体甲基化分析，还可细分多种基因区域 (promoter,enhancer, TSS1500, TSS200, 5'UTR, first exon,gene body ,3'UTR,CpG islands/CPG island regions, shelves and shores)

数据库用法介绍

• 搜寻不同癌种的Top250差异甲基化基因，超高甲基化基因和超低甲基化基因。

• 有目的的进行搜索。

• 一个基因在某个癌种中的甲基化差异分析图（会针对不同转录本分别绘制）。

点击某个具体癌种对应的图形，可得到具体表达水平（可选不同探针）和甲基化水平（可选不同区域）的相关性。

                                     还有原始数据可以下载