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【科研小助手】SSR分析利器之:POPGENE

发稿时间:2018-02-09来源:天昊生物

一、软件简介:

POPGENE软件是由Francis Yeh、Rongcai Yang和Timothy Boyle共同开发的用于分析群体间及群体内遗传变异的一款免费软件。该软件主要基于Windows操作系统,使初学者更容易进行群体遗传学分析,完成科学可靠的数据统计。目前最新的POPGENE版本为1.32,专为使用单倍体和二倍体数据分析共显性和显性标记而设计的。POPGENE可以进行常用的遗传统计(例如,等位基因频率、基因多样性、遗传距离、G-statisticsF-statistics)和复杂的遗传统计(例如,基因流,中性检验,连锁不平衡,多位点结构分析等)。软件数据处理限制: 1400个群体,150个组,1000个位点和一个位点最多52个等位基因型数据。

软件网址:https://sites.ualberta.ca/~fyeh/popgene.html

二、软件界面及指令介绍:

 

  

 

Co-Dominant Marker:共显性标记,即同时能检测出显性和隐性等位基因,能够区分纯合和杂合基因型的遗传标记。

Dominant Marker:只能按有无扩增条带进行分析,并且无法区分杂合基因型的遗传标记。

Co-Dominant Marker Data:调用co-dominant 标记数据进行群体遗传分析。

Dominant Marker Data:调用dominant 标记数据进行群体遗传分析。

Quantitative Trait Data:调用数量性状数据进行群体遗传分析 。

  

 

1、窗口菜单Haploid Data可以分析内容包括:

Gene Frequency:利用原始数据评估每个位点的基因频率。

Allele Number:等位基因的数量统计。

Effective Allele Number:纯合性评估。

Polymorphic Loci:具有多态性位点占所有位点百分比。

Gene DiversityNei’s基因多样性评估。

Shannon IndexShannon信息指数,基因多样性程度的评估指标。

Homogeneity Test:构建双向列联表并对群体基因频率进行卡方和似然比检验。

F-Statistics:对Nei’sGST等进行评估。

Gene Flow:通过GST或者FST对基因流进行评估。

Genetic Distance:判断 Nei’s及无偏遗传特性和遗传距离。

Dendrogram:用 UPGMA 绘制基于 Nei’s 遗传距离的树形图。

Neutrality Test:进行Ewens-Watterson中性检验。

Two-locus LD:判断位点和卡方检验的配子不平衡。

Brown:计算观察到的和预期的K值,以及群体随机选择到杂合位点的数目。

Smouse:最常出现的等位基因为1,其他等位基因为0。用于估计群体内平均位点间相关性。

2、窗口菜单Diploid Data可以分析内容包括:

Genotypic Frequency: 根据原始数据估计co-dominant markers在每个位点基因型观察频率。

HW Test:在随机杂交的情况下,计算预期的基因型频率,并且对每个位点进行Hardy-Weinberg平衡的卡方检验和似然比检验,仅限于共显性标记。

Fixation Index:利用FIS作为杂合子缺失或过量的评估标准。

Obs. Homozygosity:判断给定位点观察到纯合子的比例。

Exp. Homozygosity:判断随机杂交的情况下预期纯合子的比例。

三、数据格式(以Diploid Data为例)

 

 

 

四、结果展示:

文件基本信息:

 

等位基因频率信息:

 

位点统计结果:

 

 

关于天昊:

天昊生物拥有多种SSR检测平台及SSRseqTM等专利技术,可以根据客户项目需求,提供不同数量样本和位点的高性价比微卫星检测服务。

 

 

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