【科研小助手】“iSeq”--不只是illumina最新测序平台，还可以是RNA-seq在线分析平台

发稿时间：2018-03-19来源：天昊生物

转录组测序( RNA-seq )已成为单碱基分辨率基因组特性和转录本定量分析的标准实验方法。然而，大量测序数据的后续分析对于传统生化实验室研究人员（wet-lab researchers）来说可是一项令人望而却步的工作，迫切需要一个功能集成和用户友好的平台来满足这一需求。北京大学李程课题组2018年最新发表的文献，报道了一个基于R语言的网络在线平台iSeq，用于RNA-seq序列数据分析和可视化。

iSeq在线工具网址：http://202.205.131.33:3838/iSeq/

首页展示：

iSeq是一个利用R语言的Shiny框架搭建的网页应用平台，具有简单的用户界面和多个数据分析模块。没有编程和统计技能的用户也可以分析其RNA-seq数据，并可以绘制出较高质量的图表。iSeq可通过任何操作系统上的网页浏览器进行访问。

iSeq工作流程图：

iSeq数据输入格式：

数据来源：http://202.205.131.32:3838/NAT.Condition.csv

分析图表举例：

iSeq网站接受上传的Excel数据，几步式操作非常简单易学，提供RNA-seq检测最常用的基因表达差异表、火山图、聚类图、PCA图以及GO注释等分析结果。网站处理速度较快，适合初级用户RNA-seq数据个性化调整与分析。

小小的不足可能是目前在GO分析时，只提供人和小鼠物种选项，在KEGG富集、Venn图等分析时，仍需要借助第三方网站工具支持，并且无法完成如“融合基因鉴定”、“可变剪切分析”、“新转录本预测”等高级生信分析。

天昊生物具有多年RNA-seq检测与分析经验，可以为用户提供多物种、全方位、一站式转录组测序分析专业服务。

天昊生物RNA-seq数据分析流程图：

生物信息分析内容：

1、基本分析：

• 原始数据整理、过滤及质量评估
• 参考基因组注释信息整理
• 比对到参考基因组及结果评估
• mRNA表达定量分析
• mRNA差异表达分析
• 差异表达基因 GO和KEGG富集分析

2、高级分析：

• 可变剪切分析 
• 新转录本预测
• 融合基因分析
• SNV/InDel分析

3、个性化分析：

……

赶快来吧，期待成为您转录组测序分析的优质服务提供商！