【昊文章】2018年《Brain》+2019年《 Movement Disorders》：基因内含子区的重复插入突变不容小觑

发稿时间：2019-09-19来源：天昊生物

2018年6月23日,天昊基因科技（苏州）有限公司与浙江大学医学院附属第二医院（浙医二院）神经内科罗巍教授合作研究成果 “Intronic pentanucleotide TTTCA repeat insertion in the SAMD12 gene causes familial cortical myoclonic tremor with epilepsy type 1”在线发表于国际临床神经病学及神经科学顶级期刊《Brain》，首次报道中国人群SAMD12基因内含子区五核苷酸（TTTCA）重复插入导致家族性皮层肌阵挛性震颤癫痫1型。

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文章发表后，罗巍教授团队继续致力于解析不携带(TTTCA)n五核苷酸重复插入序列家族性皮层肌阵挛性震颤癫痫患者的致病原因，很快获得了新的发现。团队新文章“Intronic (TTTGA)n Insertion in SAMD12 Also Causes Familial Cortical Myoclonic Tremor With Epilepsy” 于2019年7月29日在线发表于《Movement Disorders》，天昊生物公司总经理姜正文博士，苏州天昊医药研发中心技术部经理余锋也作为文章的作者分享了这一成果。

下面，小编就和大家分享一下这篇文章的精彩内容。

英文题目：Intronic (TTTGA)n Insertion in SAMD12 Also Causes Familial Cortical Myoclonic Tremor With Epilepsy

中文题目：SAMD12基因内含子区五核苷酸（TTTGA）重复插入也可导致家族性皮质肌阵挛性震颤伴癫痫

期刊名：《 Movement Disorders》    

发表时间： 2019年7月29日    

影响因子：8.061

研究背景：

l 家族性皮质肌阵挛性震颤癫痫（familial cortical myoclonic tremor with epilepsy, FCMTE）是一种以皮质震颤和癫痫发作为核心症状的高外显率常染色体显性神经退行性病。

l 该疾病表现典型的遗传异质性，根据致病区域连锁定位可分为4种亚型: FCMTE1 (8q24, OMIM: 601068); FCMTE2 (2p11.1-q12.2, OMIM: 607876); FCMTE3 (5p15.31-p15.1, OMIM: 613608)和FCMTE4 (3q26.32–3q28, OMIM: 615127)。

l 近几年，SAMD12, TNRC6A和RAPGEF2基因内含子区五核苷酸（TTTCA）n重复插入被确定为FCMTE的致病原因，但仍有部分FCMTE患者并未能在这些目的基因中找到（TTTCA）重复

研究目的：寻找无SAMD12, TNRC6A和RAPGEF2基因内含子区五核苷酸（TTTCA）重复插入突变的FCMTE家系的致病原因

研究方法：

l 临床样本：1个无SAMD12, TNRC6A和RAPGEF2基因内含子区五核苷酸（TTTCA）重复插入突变的FCMTE家系；

l 研究手段：重复引物PCR+长片段PCR +一代测序，用于确认(TTTGA)n插入突变是否存在；PacBio
targeted长读长测序确定(TTTGA)n插入突变的精细结构.

研究结果：

l 五核苷酸重复分析

A家系图与样本突变携带情况；B家系简化图（LR-PCR提示3个长度约2k的(TTTGA)n重复插入携带者：II6和III4，IV2）

在前期的研究结果中，上图的家系（A图）II6和III4都进行了SAMD12基因的重复引物PCR（RP-PCR）检测，但都只检测到(TTTTA)n插入。后续针对有DNA样本的家系样本进行重复引物PCR和长片段PCR(LR-PCR),发现(TTTTA)n 重复和一个长碱基条带 (约2 kb)都在该家系中与疾病共分离。针对II6和III4样本这个长碱基的双端一代测序发现，(TTTTA)n 重复是位于5’端，而3’端毗邻AluSq2则是一个新的(TTTGA)n重复插入序列。进一步的所有样本一代测序，确定(TTTGA)n重复插入序列与疾病共分离。该突变在另外两个没有(TTTCA)n重复插入的家系和238例中国人群对照中都没检测到。但由于这个长碱基太长，不能排除在这个(TTTGA)n重复插入序列中，也有(TTTCA)n重复插入序列存在的可能。

l 长碱基的目的区域长片段测序

针对3个(TTTGA)n插入携带者（II6和III4，IV2），一个(TTTCA)n插入携带者（作为正对照）的目标区域长片段PCR产物进行三代长读长测序，结果提示II6，III4和IV2都是在(TTTTA)n扩增旁边有(TTTGA)n插入，不携带任何(TTTCA)n插入突变。三代测序确定了每个样本的精确扩增重复个数：家系患者：(TTTTA)_114-123 (TTTGA)_108-116 ，(TTTCA)n插入携带患者：(TTTTA)₃₈(TTTCA)₄₇₉ 。

图：4个样本重复扩增区域PacBio目的区域长读长测序

研究结论和意义：

l  目的区域长读长测序帮我们确定了SAMD12基因内含子区的五核苷酸（TTTCA）n和（TTTGA）n重复插入的精确结构。本研究提示了FCMTE 新的致病性重复扩增。