【昊阅读】别人的GWAS数据+m6AVar数据库=4.5分数据挖掘文章

发稿时间：2019-11-18来源：天昊生物

前段时间为大家介绍了2018年发表在NAR杂志上的m6AVar数据库 （链接：【昊工具】m6AVar数据库：又一个热点，前沿的宝藏数据库），我们提到这个数据库收集了可能影响m6A修饰的基因组SNP信息，因此是研究m⁶A相关变异和疾病间的关系的一种有用资源。今天小编就来带大家阅读一篇生信挖掘文章，一起来看看作者是如何利用公开的GWAS数据和在线数据库，阐述“m6A SNP---影响基因的m6A修饰---影响基因的表达---GWAS表现阳性信号”这一可能的遗传学机制并轻松发表IF4+的文章的吧！文章题目：In silico genome-wide identification of m6A-associated SNPs as potential functional variants for periodontitis.影响因子：4.522 PMID：31245852期刊年卷：J. Cell. Physiol. 2019 Jun 27

研究背景

※牙周炎（PD）是一种常见的炎症性疾病,目前已报道的PD相关位点多位于非蛋白编码区，很难解释其功能。

※影响RNA m6A修饰的一组SNP，可能是一类重要的功能基因组位点。

研究方法

※下载PD 

一个公开GWAS的统计数据（非基因型原始数据，而是是统计值数据，表型为牙龈沟液的interleukin (IL)‐1β表达水平）

※下载m6AVar数据库的m6A相关SNP列表（http://m6avar.renlab.org）：包括13,703 个高度可信SNP位点 (miCLIP/PA‐m6A‐seq experiments), 54,222 个中度可信位点(MeRIP‐Seq experiments)和245,076个低可信度位点 (random genome prediction based on random forest algorithms)

※Haploreg数据库查询：HaploReg 数据库 (http://archive.broadinstitute.org/mammals/

haploreg/haploreg.php) 除了可以注释SNP，同时还收集了很多SNP的调控信息，其中包括来源于13个人类表达数量调控性状位点研究的数据（包括多种组织和细胞系），这样便可以查阅SNP是否有证据在某种组织或细胞中调控某个基因表达的调控作用。

※RegulomeDB数据库查询：RegulomeDB (http://regulome.stanford.edu/) 和HaploReg数据库类似，为基因组SNP提供了大量的调控证据数据，可以查询SNP 是否影响蛋白结合，改变motif或者影响DNase，从而阐述SNP可能的调控作用。※NCBI GEO数据库：NCBI GEO(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo)收录了很多公开的表达谱和测序数据，作者下载了牙龈组织基因表达相关的四个数据集。

研究结果

图：研究流程图和主要结果

※PD GWAS的阳性关联SNP与m6Avar数据库下载的m6A-SNP取交集，共获得104个PD相关m6A-SNP

※在Haploreg数据库查询这些SNP是否为所在基因eQTL，结果发现65个位点显示eQTL信号，同时，研究者注释了最阳性的20个SNP的其它调控证据（下表）。

※针对这65个SNP，作者下载了GEO的牙龈表达数据，探究了这些SNP所在基因是不是在患者和对照中存在差异表达。最终，作者发现48个基因至少在一个数据中表达出差异表达，提示这些m6A SNP可能通过影响m6A修饰，进而影响基因的表达，最终参与了PD疾病的发生，从而在PD GWAS研究中表现出阳性信号。一个典型的PD相关位点rs2723183，与PD相关（P=3.93E-07）,同时调节IL37基因的的表达，并且IL37基因在3个数据集中的患者和对照牙龈组织存在差异表达。

研究结论

m6A-SNP可能通过调控基因的表达而参与PD疾病的发生发展。

通过这篇生信挖掘文章，至少有四个宝藏数据库值得大家了解，说不定就可以让你的研究事半功倍哦。

m6AVar数据库：http://m6avar.renlab.org

Haploreg数据库：http://archive.broadinstitute.org/mammals/haploreg/haploreg.php

RegulomeDB 数据库：http://www.regulomedb.org/

NCBI GEO数据库：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo