SSR研究进展 12月集锦（一）

发稿时间：2019-12-24来源：天昊生物

1、利用SSR标记分析高含油量甘蓝型油菜种质资源遗传多样性

作者：薛艳，李英谌，国鹏，张星，陈乔，何忠军，王风敏，李虎作者单位：1. 汉中市农业科学研究所 2. 汉中职业技术学院出版日期：2019-12-3为揭示高油甘蓝型油菜种质资源的遗传背景,明确各材料间的遗传距离,加快陕南地区高油育种进程,利用20对甘蓝型油菜首选的简单重复序列(simple sequence repeat,SSR)核心引物,对陕南地区65份含油量达40.58%~53.52%的甘蓝型油菜育种材料进行遗传多样性分析,利用NTSYS-pc1.10e计算材料间多态性信息含量指数(PIC),并用非加权配对算术平均法(unweighted pair group method using arithmetic average,UPGMA)对材料进行聚类分析｡结果表明,从20对SSR核心引物中共筛选出7对最佳引物,平均每对引物检测到7个条带｡供试材料的PIC值分布在0.33~0.86范围内,平均值0.58｡聚类分析结果表明,在相似系数为0.54处将65份供试材料划分为两大类群｡供试材料的遗传距离较近,不利于陕南地区高油甘蓝型油菜的育种工作｡加强种质创新,引进外来优良种质资源并加以改造利用是提高陕南地区高油甘蓝型油菜育种水平的根本途径｡               

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2、Analysis of genetic diversity of ancient Ginkgo populations using SSR markers (利用SSR标记分析古银杏群体的遗传多样性)

作者：Qi Zhou; Kemin Mu; Zhouxian Ni; Xinhong Liu; Yingang Li; Li-an Xu

作者单位：1. Co-Innovation Center for Sustainable Forestry in Southern China, Nanjing Forestry University (南京林业大学中国南方可持续林业合作创新中心), 2. Zhejiang Academy of Forestry (浙江省林业科学研究院)

影响因子: 4.191

出版日期：2019-12-4

Ginkgo biloba L., a famous relict plant, is the only surviving species of Ginkgopsida. To explore the genetic variation of geographic populations and possible refuges of Ginkgo during the glacial period, 216 samples from 6 ancient populations and 2 cultivated populations were analyzed using 22 simple sequence repeat (SSR) markers. A total of 231 alleles were detected at the 22 SSR loci, and the average expected heterozygosity (He) was 0.808, indicating a high level of genetic diversity. The STRUCTURE, phylogenetic tree and principal coordinate analysis (PCoA) results showed that the 8 populations could be divided into 2 groups, namely, the eastern group (TM, NJ and PZ) and southwestern group (PX, DY, MJ, FG and WC). The eastern and southwestern groups had 15 and 14 unique alleles, respectively. Among the populations, population TM from the east had the highest genetic diversity and allelic richness, and 9 rare alleles and 8 unique alleles were detected in this population. Although the genetic diversity of population WC from the southwest was lower than that of population TM, 8 rare alleles and 2 unique alleles were detected in WC. It was speculated that the areas of population TM in the east and population WC in the southwest were refuges during the glacial period. In addition, a total of 7 unique alleles were detected in the 2 cultivated populations from the east, suggesting that there may have been other refuge areas during the glacial period.

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3、多裂骆驼蓬叶片转录组分析

作者：夏铭泽, 张雨, 余静雅, 张发起

作者单位：1. 中国科学院西北高原生物研究所高原生物适应与进化重点实验室 2. 中国科学院大学生命科学学院

出版日期：2019-12-9

多裂骆驼蓬为西北荒漠地区常见植物，具有抗风固沙、防止水土流失、抑菌杀虫和抗肿瘤等功效。为了增加骆驼蓬属植物开发利用的强度，弥补其基因功能、代谢通路等分子生物学研究层面的空缺，该研究利用Illumina高通量测序平台对多裂骆驼蓬叶片进行转录组测序，根据测序结果进行转录组数据拼接、功能注释、序列水平和表达水平等分析。本次研究共获得7 723 653 900 bp核苷酸序列信息，拼接组装得到78 641条Unigene，预测出55 535条CDS序列。与多个数据库对比后，获得33 184个NR数据库注释信息；31 835个GO数据库注释信息；17 206个KOG数据库Unigene功能分类信息；7 617个KEGG数据库代谢通路注释信息。对单核苷酸多态性位点和微卫星信息进行检测分析，共发现86 113个SNP位点，6 987个SSR信息。本研究首次获得并分析了多裂骆驼蓬的转录组数据，通过基因比对、CDS预测、通路注释、SNP检测和SSR检测等方法，对该植物的基因、通路以及分子标记等方面有了初步的认识，为本种植物后续研究及资源的开发利用奠定基础。

期刊首页网址：http://biopublisher.cn/index.php/mpb/index4、悬钩子属(Rubus.L)种质资源DNA指纹图谱构建及遗传多样性分析作者：王珊珊, 耿佳麒, 赵晨辉, 宋宏伟, 梁英海, 李红莲, 唐雪东, 张冰冰作者单位：1. 吉林省农业科学院果树研究所 2. 长春大学园林学院 3. 吉林农业大学园艺学院

出版日期：2019-12-11

利用SSR分子标记技术,经毛细管电泳法检测PCR产物,构建了94份悬钩子属(Rubus.L)种质资源DNA指纹图谱,并对其遗传多样性进行分析。结果表明,从40对引物中筛选出13对SSR引物,其多态性高,稳定性好,共扩增出242个等位基因,多态性位点为242个,多态性比率达100%,检测到的位点数在11～27之间,平均为18.615 4;多态性信息含量(PIC)值变幅在0.635 3～0.915 1之间,平均为0.761 5;聚类分析中,在阈值为0.89处可分为2类,第1类主要为牛迭肚野生资源,第2类主要为栽培品种资源,在0.885处又可细分为2小组,包括国外引进品种资源,国内选育品种(品系)和野生库页悬钩子资源;该指纹图谱的构建和遗传多样性分析,为悬钩子属种质资源开展深入研究奠定基础。

5、利用SSR标记鉴定芹菜新品种‘HBN-01’和‘HBN-02’的种子纯度作者：高越，刘双，赵新，刘娜，朱珠，王永，兰青阔作者单位：1. 河北农业大学植物保护学院 2. 天津市农业科学院 3. 天津市农业质量标准与检测技术研究所出版日期：2019-12-11为了快速鉴定两个杂交芹菜品种‘HBN-01’以及‘HBN-02’种子纯度情况，本研究以杂交F1代及其父母本为材料，采用CTAB快速提取法提取DNA，基于SSR （simple sequence repeat）分子标记技术筛选出合适引物，对芹菜杂交品种进行种子纯度鉴定。结果发现，从候选78对引物中，共筛选出2组引物（celerySSR-25和celerySSR-61），可以使芹菜品种‘HBN-01’和‘HBN-02’及其亲本的带型具有互补多态性。两组特异性引物可相互验证两个杂交品种的种子纯度情况。应用该方法对芹菜品种‘HBN-01’和‘HBN-02’种子纯度检测结果显示，‘HBN-01’品种纯度为93.33%；‘HBN-02’品种纯度为99.00%。因此通过SSR分子标记技术，可在室内快速准确鉴定出芹菜杂交品种‘HBN-01’和‘HBN-02’的种子纯合情况，为今后芹菜品种纯度的鉴定以及芹菜的育种筛选提供便利以及技术支持。

6、基于高通量测序的柚木边材转录组分析作者：杨光，梁坤南，黄桂华，周再知，王西洋作者单位：中国林业科学研究院热带林业研究所出版日期：2019-12-7本研究利用Illumina HiseqTM 4000测序平台对柚木（Tectona grandis L.F.）边材组织进行转录组测序，获得39.65 Gb的数据。拼接组装共得到90 843个Unigene，平均长度、N50以及GC含量分别为1 415 bp，2 208 bp和41.28%。将获得的Unigene与七大功能数据库进行比对，分别有64 416 （NR: 70.91%）、69 281 （NT: 76.26%）、28 777 （COG: 31.68%）、18 630 （GO: 20.51%）、49 594 （KEGG: 54.59%）、44 707 （Swissprot: 49.21%）以及50 938 （Interpro: 56.07%） 个Unigene获得功能注释。经过GO数据库的比对分析，18 630个Unigene被注释到生物过程、细胞组分和分子功能3大类别55个亚类。与COG数据库进行比对分析，28 777个注释Unigene按功能被划分为25类。基于KEGG数据库，44 595个Unigene序列注释到6大类，21个亚类代谢通路中。根据注释结果预测出2 772个编码转录因子的Unigene，检测出26 773个SSR位点，以及39 856个SNP位点。本研究为柚木分子育种工作的开展提供数据和参考。

期刊首页网址：https://xuebao.imau.edu.cn/7、内蒙古东部地区文冠果遗传多样性与亲缘关系分析作者：德永军，姬媛媛，张佳敏，涂姝月，贾文龙，徐小焱，李宇航，包文泉作者单位：内蒙古农业大学林学院出版日期：2019-12-12文冠果为中国北方重要生态和能源树种,内蒙古东部是人工栽培最早和面积最大的地区,也有千余亩集中分布的天然林,对其不同居群间的遗传结构分析具有重要意义。本实验材料选自内蒙古东部主要栽培区的8个不同样地共231个样本,采用SSR分子标记技术进行遗传多样性和亲缘关系分析。结果表明:(1)T-Z-R1977与C-A-R2010居群的文冠果遗传多样性偏高,C-A-R2007居群的文冠果遗传多样性最低。(2)C-A-R2010与C-A-R1974两个居群间亲缘关系最近,C-W-R1973与C-Z-T两个居群间亲缘关系最远。(3)在相似系数为0.73处进行聚类,可以聚为3类:C-Z-T与C-Z-R1972为一类,C-A-R1974、C-A-R2010、C-W-R1973、X-Q-R1976为第二类,C-A-R2007与T-Z-R1977为第三类。

8、黄颡鱼(Pelteobagrus fulvidraco)全基因组微卫星分布特征研究

作者：徐杰杰，郑翔，李杰，尹绍武，王涛

作者单位：南京师范大学海洋科学与工程学院出版日期：2019-12-6本研究利用NCBI上已公布的黄颡鱼全基因组测序结果,使用MISA软件对黄颡鱼全基因组的微卫星进行筛选并分析;结合MISA文件和基因组gff注释文件通过编写脚本定位微卫星在基因组的位置,并对外显子区含有微卫星的基因进行GO注释和KEGG富集。在黄颡鱼基因组713 810 725 bp序列中,共筛选出418 550个完整型的微卫星,其长度为12 974 321 bp,占基因组序列总长度的1.8%,相对丰度为586个/Mb。在1～6不同碱基重复类型微卫星中,二碱基重复数目最多,共173 177个,占微卫星总数的41.38%。然后依次是单碱基(40.26%)、四碱基(9.37%)、三碱基(7.63%)、五碱基(1.15%)和六碱基(0.21%)。基因组中重复数目最多的10种微卫星类别依次为:T、A、AC、TG、GT、CA、TC、TA、AG和AT。同时通过对基因组微卫星进行定位,16 381个微卫星定位在基因外显子上,并分布在3853个基因上。GO注释结果显示注释到分子功能的基因数目最多,富集前10的条目主要与电压门控钠通道复合物、电压门控钠通道活性和蛋白去磷酸化有关。KEGG富集分析显示共富集到21个通路,其中Hippo信号通路最为显著。研究结果为今后黄颡鱼微卫星标记的开发以及微卫星的定位功能等提供了一定的理论基础。

 

 

期刊首页网址：http://www.scdwzz.com/index.aspx9、基于转录组测序的大熊猫多态性微卫星标记筛选作者：涂洪梅，周闯，王冠楠，成美玲，岳碧松，孟杨作者单位：四川大学生命科学学院生物资源与生态环境教育部重点实验室出版日期：2019-12-9本研究结合已公布的大熊猫Ailuropoda melanoleuca基因组和本实验室所测6只大熊猫的转录组数据，筛选多态性微卫星位点并分析其组成及特征。结果显示：共获得326个多态性微卫星位点，其中二碱基多态性微卫星最多，共有228个，占69.93%；三、四、五、六碱基所占比例分别为9.51%、14.11%、5.21%、1.22%。根据分析结果中缺失率与标准差2项指标以及位点序列长度，选取20个多态性二碱基微卫星位点，用于25只大熊猫个体血液DNA进行PCR验证并做后续分析。结果表明：不同位点的等位基因数为2～8，平均等位基因数为3.70，观测杂合度、期望杂合度分别为0～1.000、0.280～0.784，平均值分别为0.472和0.532。在Bonferroni校正后，证实4个位点显著偏离哈迪-温伯格平衡，所有位点未观察到显著连锁不平衡(P> 0.01)。20个位点多态信息含量(PIC)在0.246～0.734，其中具有高度多态性的位点9个(PIC>0.5)，11个位点呈中多态性(0.2。本研究筛选的微卫星位点有助于评估大熊猫的遗传多样性和种群结构，并制定有效的保护和管理策略。该方法也可为后续开发更多优良微卫星位点用于大熊猫种群遗传学研究提供资源。

 

 

期刊首页网址：https://www.sciencedirect.com/journal/legal-medicine10、Analyzing genetic polymorphism and mutation of 44 Y-STRs in a Chinese Han population of Southern China（中国南方汉族人群44 Y-STRs基因多态性及突变分析）作者：Hanguang Lin; Qiansu Ye; Peizhi Tang; Tian Mo; Xin Yu; Jianpin Tang作者单位：1. Department of Forensic Medicine, Guangdong Medical University（广东医科大学法医学系） 2. Center of Forensic Sciences, Bureau of Public Security of Guangxi Zhuang Autonomous Region（广西壮族自治区公安局法医学中心）3. Health Gene Technologies Co. Ltd. (中国宁波健康基因技术有限公司) 4. Department of Criminal Investigation, Bureau of Public Security of Guilin City (中国桂林市桂林市公安局刑事侦察处)影响因子：1.404出版日期：2019-12-5Short tandem repeat on the non-recombining part of chromosome Y with paternally inheritable capability is a valuable tool in the studies of forensic genetics, population genetics and anthropology. The mutation rate of Y-STR is an important parameter in the applications. A total of 629 haplotypes at 44 Y-STR markers were found in 629 unrelated males of our population. Mutation rates at 44 Y-STR loci ranged from 0 to 40.63 × 10⁻³ in our population. A higher mutation rate was noted at DYS612, DYS449, DYS547, DYS518, DYS576, DYS627, DYF403S1b, DYF387S1, DYS385a/b, DYS527a/b, DYF404S1, DYF403S1a and DYF399S1 in this population. The Y-STR set showed a higher discrimination capacity in forensic applications, and the present study provided reference data for the application of forensic and population genetics.

 

 

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11、Genetic polymorphisms of 19 autosomal STR loci in 3510 individuals from Han population of Zhejiang province, Southeast China（浙江汉族3510人19个常染色体短串联重复序列基因座的遗传多态性）

作者：Yan Wang; Fang Chen; Ying Fu; Shuai Zhang; Honghe Zhang; Maode Lai; Enping Xu

作者单位：1. Department of Pathology and Pathophysiology, Key Laboratory of Disease Proteomics of Zhejiang Province, Zhejiang University School of Medicine（浙江大学医学院浙江省疾病蛋白质组学重点实验室病理与病理生理学系） 2.  Forensic Center, Zhejiang University School of Medicine（浙江大学医学院法医中心）

影响因子：1.99

出版日期：2019-12-5

A number of autosomal STR loci data on Zhejiang have been published in previous studies, there is no data about the STR loci of Goldeneye™ 20A kit in Zhejiang Han population has been reported up to now. In this study, a total of 3510 unrelated healthy individuals were collected from Zhejiang after acquiring their informed consent. Genomic DNA was extracted from peripheral blood samples, buccal swabs or hair using Chelex-100 protocol and amplified by using the Goldeneye™  DNA ID System 20A in the GeneAmp PCR System 9700 according to the manufacturer’s instructions. Each batch of experiments were set up simultaneously with the negative and positive PCR controls. PCR products were detected by ABI PRISM 3130 Genetic Analyzer and ABI PRISM 3130xL Genetic Analyzer(Life Technologies). The system can simultaneously amplify 19 autosomal STR loci, including D19S433, D5S818, D21S11, D18S51, D6S1043, D3S1358, D13S317, D7S820, D16S539, CSF1PO, Penta D, TH01, vWA, D8S1179, TPOX, D2S1338, D12S319, FGA and Penta E as well as a gender identification locus of amelogenin. Allele identification and data analysis were acquired by GeneMapper® ID v.3.2 software (Applied Biosystems, Foster City, CA, USA). The analysis of the DNA polymorphisms and assignment of nomenclature were based on the ISFG recommendations. The results indicated that there is high population differentiation between Zhejiang Han and Ethnic minorities in China. We reported the allele frequencies and forensic parameters of 19 STR loci of the Zhejiang Han population. This data can contribute to the establishment and perfection of reference database for forensic applications in Zhejiang. In addition, the system of 19 autosomal STR loci is polymorphic and it serves as an informative and efficient tool for the research and application in forensic science.

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