R相关软件及R包安装

发稿时间：2020-06-11来源：天昊生物

天昊生信团近2个月以来，在公众号发表了一些原创的生信教程类文章，收到不少客户的点赞关注。从源码下载数量看，大部分老师都有练习过。从入群人数和源码下载数量看，大约有35%的客户数据分析基础薄弱，主要是因为没有好的工具进行练习。编程上有句俗话“没有敲够1万行代码，就不算入门”。为了让客户练习满意，我们这里提供一份《R相关软件及R包安装》说明文档，拿走不谢哦。

一软件安装

我们平常在PC机上编写和运行R代码，通常都是在Rstudio上运行的（毕竟R自带的环境操作起来不是方便）。但是单独安装Rstudio是没有办法运行的，需要先安装R，再安装Rstudio，才可以顺利运行。以下是云盘上存储的软件，各位看官可关注公众号获取。软件安装仅需点击exe文件后一直点击下一步至完成安装。

R-3.6.1-win.exe：R自带的操作环境3.6.1版本，目前已经更新至R4.0，但不推荐使用；Rstudio35.exe: R的专用IDE,与R-3.6.1匹配，推荐安装。Rtools35.exe：一个适用于R的Windows平台工具链，部分包的安装需要用到Rtools。Rtools35与R-3.6.1-win.exe版本已匹配。

二 Rstudio软件使用

RStudio是R的专用IDE，具有语法高亮、代码自动补全、快捷操作、数据查看等功能。

1. 界面介绍

RStudio界面分为左上源码编辑、脚本显示，左下代码执行、控制台，右上代码历史记录、数据对象列表，右下代码组织管理、包安装、更新、绘图。脚本区与运行区域是分离的，可以方便我们修改脚本。

2. 使用介绍File -> New File -> R script 新建了一个R脚本，如上图所示，这个时候我们就可以编写R代码。也可以通过Open File打开一个已有的R脚本。

运行脚本命令

1、从头到尾运行整个代码：在左上角代码区，可以全选代码，点击run；

2、运行某一行代码：鼠标点击该行任意位置，点击run；

3、查看某个变量的值：选中该变量，点击run。如下图所示：

快捷键使用Rstudio 使用的快捷键比较多，这里我们挑选2个比较有用的快捷键讲。

1、Ctrl + Enter 运行脚本

2、Ctrl + Shift + C 单行或多行注释（或者取消注释）

三

R包安装与加载

R语言的使用，很大程度上是借助各种各样的R包的辅助，从某种程度上讲，R包就是针对于R的插件，不同的插件满足不同的需求。

1. CRAN安装

CRAN为Comprehensive R Archive Network(R综合典藏网)的简称。它除了收藏了R的执行档下载版、源代码和说明文件，也收录了各种用户撰写的软件包。CRAN安装通常使用install.packages 安装。程序包时，由于默认选择国外CRAN镜像，会导致下载程序包特别慢，经常导致安装失败。可以选择国内镜像安装。

In [1]:

install.packages('ggplot2')

如上所示，R包ggplot2就已经安装成功了。但有的包下载速度慢，导致下载失败也是有可能的，通常就要选择一个镜像来安装了。以下是世界各地的镜像网址https://cran.r-project.org/mirrors.html ，这里我们选择中国区域的就行。

2. bioconductor安装

Bioconductor是基因组数据分析相关的软件包仓库，需要用专门的命令进行安装。source("https://bioconductor.org/biocLite.R") #安装核心软件包BiocInstaller::biocLite("packagename") #安装特定的软件包
3. github安装

不是所有的R包都提交上传到CRAN，如Github，需要通过一定的渠道进行安装。install.packages("devtools")library(devtools)install_github("RevolutionAnalytics/RHadoop")安装Github会遇到很多问题，比如作者删除了提交信息、R版本不再匹配、需要安装相应的Rtools、R包安装过程中部分包被占用无法安装、安装的R包版本等级太低等。需要根据错误提示解决。

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