【昊文章】天昊合作客户circRNA m6A修饰新文章

发稿时间：2020-08-14来源：天昊生物

前言   2019年底我们曾总结过circRNA m6A修饰相关资料和研究思路（链接：circRNA m6A修饰文献总结及思路分析），其中2019年国自然项目中涉及到环状RNA m6A修饰的基金共有11项，预计2020年相关的基金仍会大涨。 2020年以来circRNA m6A修饰相关的文献也有了大幅的增长，共计约20篇。 包括3月份Cell Research报道称：在雄性生殖细胞中发现了m6A修饰参与到一些具有编码功能的circRNA的生成过程中，并且揭示了这些circRNA稳定和持久的蛋白产生的潜在机制（doi: 10.1038/s41422-020-0279-8）。 而Molecular Cancer多篇综述文章总结了circRNA（或noncoding RNA）与m6A修饰之间的联系（doi: 10.1186/s12943-020-01224-3；doi: 10.1186/s12943-020-01207-4；doi: 10.1186/s12943-020-01233-2）。

近日，天昊合作客户浙江省人民医院消化内科潘文胜主任课题组在Epigenomics杂志上发文报道了低分化胃腺癌中差异表达的circRNA，并且初步分析了这些circRNA的m6A修饰水平。

作者首先利用circRNA芯片在低分化胃腺癌（PDGA）癌组织中发现了65个差异表达的circRNAs，并对这些circRNA的分布和长度特征进行了分析（图1）。本研究中在发现和验证阶段使用的临床样本数及临床信息如表1所示。

进而利用qPCR在胃癌组织中（包括不同分化程度样本）对部分差异的circRNA进行验证，发现circRNA差异表达趋势与芯片结果一致（图2）；而且在4种胃癌细胞系中进一步验证了这些circRNA的表达水平，PCR产物验证证实了circRNA具有反向剪接位点（图3）。

为了评估所选circRNA对胃癌的诊断潜力，作者对每个circRNA进行了ROC曲线分析，发现has_circ_0077837更可能作为胃癌和低分化胃腺癌诊断标志物（图4）。

为了研究所选circRNA的潜在功能，研究人员对其靶基因进行了GO分析，主要富集的GO条目如图5。KEGG通路富集分析如图6所示。

考虑到m6A修饰作为转录后修饰方式精细调控着基因表达，首先利用SRAMP网站（http://www.cuilab.cn/sramp）对这些差异表达的circRNA潜在的m6A修饰位点进行预测，多个circRNA具有高可信度的m6A修饰位点。利用MeRIP-qPCR对这些circRNA的m6A修饰进行验证，发现多数circRNA的m6A修饰水平在肿瘤组织中具有显著差异（图7A），而且m6A修饰水平和circRNA表达水平具有显著相关性（图7B、C）。这些结果显示m6A修饰可能影响这些circRNA的表达差异。

总结来看

这项研究初步发现了在胃癌和低分化胃腺癌中部分差异表达的circRNA同时存在转录后m6A修饰的差异。然而为什么存在m6A修饰的差异？这些差异修饰的circRNA会在低分化胃腺癌或胃癌中发挥什么样的功能？转录后的修饰如何影响这些circRNA的表达水平？这些问题可能是课题组后续研究探索的方向，期待潘文胜主任课题组更多的发现。

天昊生物具有多年基因组、转录组和表观组等多组学检测与分析的经验，m6A RNA甲基化作为表观领域的一大热点，天昊生物自主设计了m6A调控因子（writers/erasers/readers）差异表达分析检测panel，还可以提供m6A修饰整体水平定量检测，并结合MeRIP-seq和RNA-seq挖掘受m6A调控因子影响的下游靶点，同时可对相关的靶点进行MeRIP-qPCR验证。生信团队亦可提供个性化的m6A数据库挖掘与生信分析内容。

相关链接：

Cell报道YTHDF蛋白调控m6A新的作用模式！；

2020年5月m6A RNA甲基化文章集锦；

Gut：SNP介导m6A修饰影响基因表达和肿瘤进展；

肠道菌群影响宿主的m6A修饰：3月m6A文章一览；

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